Здравствуйте, Татьяна Сергеевна!

В вопросе обложения либо необложения пеней и штрафов, полученных  за ненадлежащее выполнение договорных условий, налогом на добавленную стоимость   следует прежде всего разобраться в сути того, чем является НДС.

Как прописывает НК, налоговая база при реализации налогоплательщиком товаров(работ, услуг) определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг),исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со ст. 40 Налоговогокодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в нихналога (п. 1 ст. 154 НК РФ). Для целей налогообложения принимается ценатоваров, работ или услуг, указанная сторонами сделки.

В соответствии со ст. 162 НК, налоговаябаза, определенная на основании ст. ст. 153 - 158, увеличивается на суммы,полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи,на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либоиначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).

Суммы неустойки, а также штрафы и пени  как мера ответственности за просрочку исполнения обязательств,полученные организацией от контрагента по договору, не связаны с оплатой товара, что вытекает из НК. Поэтому обложению налогом надобавленную стоимость они не подлежат. Такой вывод закрепил ВАС РФ в своемПостановлении от 5 февраля 2008 г. N 11144/07. Это Постановление прямо утверждает: у налогоплательщика НЕТ обязательствауплачивать НДС с сумм, полученных в виде ответственности контрагента заненадлежащее исполнение обязательств по договору. Основываясь на этом Постановлении и указанных ст. НК  Вы можете отстоятьсвои права в суде, или, что предпочтительнее, до суда, аргументированно отстаивая свою позицию перед налоговиками.

Прилагаю это постановление и все указанные выдержки из НК. И изучайте НК!