С этим вопросом следует обратиться в территориальный орган Росздравнадзора, а предварительно изучить документы, которыми они руководствуются - Федеральный закон от 08.08.2001 №128-ФЗ (ред. от 27.12.2009, с изм. от 19.05.2010) "О лицензировании отдельных видов деятельности", Постановление Правительства РФ от 22.01.2007 №30 (ред. от 21.04.2010) "Об утверждении Положения о лицензировании медицинской деятельности". Согласно закону, Вы должны руководствоваться статьей 9 "Принятие решения о предоставлении лицензии", в которой перечислены все документы, которые надо представить в лицензирующий орган:

"1. Для получения лицензии соискатель лицензии направляет или представляет в соответствующий лицензирующий орган заявление о предоставлении лицензии, в котором указываются:
полное и (в случае, если имеется) сокращенное наименование, в том числе фирменное наименование, и организационно-правовая форма юридического лица, место его нахождения, адреса мест осуществления лицензируемого вида деятельности, который намерен осуществлять заявитель, государственный регистрационный номер записи о создании юридического лица и данные документа, подтверждающего факт внесения сведений о юридическом лице в единый государственный реестр юридических лиц, - для юридического лица;
фамилия, имя и (в случае, если имеется) отчество индивидуального предпринимателя, место его жительства, адреса мест осуществления лицензируемого вида деятельности, который намерен осуществлять заявитель, данные документа, удостоверяющего его личность, основной государственный регистрационный номер записи о государственной регистрации индивидуального предпринимателя и данные документа, подтверждающего факт внесения сведений об индивидуальном предпринимателе в единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей, - для индивидуального предпринимателя;
идентификационный номер налогоплательщика и данные документа о постановке соискателя лицензии на учет в налоговом органе;
лицензируемый вид деятельности в соответствии с пунктом 1 статьи 17 настоящего Федерального закона, который соискатель лицензии намерен осуществлять.
К заявлению о предоставлении лицензии прилагаются:
копии учредительных документов (с представлением оригиналов в случае, если верность копий не засвидетельствована в нотариальном порядке) - для юридического лица;
документ, подтверждающий уплату государственной пошлины за предоставление лицензии;
(абзац в ред. Федерального закона от 27.12.2009 N 374-ФЗ)
копии документов, перечень которых определяется положением о лицензировании конкретного вида деятельности и которые свидетельствуют о наличии у соискателя лицензии возможности выполнения лицензионных требований и условий, в том числе документов, наличие которых при осуществлении лицензируемого вида деятельности предусмотрено федеральными законами.
Лицензирующий орган не вправе требовать от соискателя лицензии представления документов, не предусмотренных настоящим Федеральным законом".
А на кикие приказы ссылаться при проверках - не совсем понятно, что имеется в виду. Какими документами руководствоваться в своей работе - да тем же законом и постановлением, плюс всеми документами, касающимися организационных вопросов, вопросов контроля качества оказания медицинской помощи и т.д. Их достаточно много.